جمع‌آوری نمونه:نمونه‌های سلولی یا بافتی باید به سرعت جمع‌آوری شوند تا از تخریب RNA جلوگیری شود. استفاده از نیتروژن مایع برای فریز کردن نمونه‌ها بسیار مؤثر است. همچنین، استفاده از ابزار استریل و مناسب برای جمع‌آوری نمونه‌ها الزامی است.

شکستن سلول‌ها: برای آزادسازی RNA از سلول‌ها، دیواره و غشای سلولی باید شکسته شوند. این کار معمولاً با استفاده از بافرهای خاص یا روش‌های مکانیکی (مانند هموژنیزاسیون) انجام می‌شود. در این مرحله، آنزیم‌هایی مانند پروتئاز نیز ممکن است برای تخریب پروتئین‌های موجود به کار گرفته شوند.

استفاده از بافرهای استخراج:افرهای استخراج معمولاً شامل مواد شیمیایی مانند فنول و کلروفرم هستند که به جداسازی RNA از DNA و پروتئین‌ها کمک می‌کنند. این مواد شیمیایی باعث ایجاد دو فاز می‌شوند: فاز آبی که RNA در آن قرار دارد و فاز آلی که DNA و پروتئین‌ها را شامل می‌شود.

فازبندی:پس از اضافه کردن بافر استخراج، مخلوط به آرامی هم زده می‌شود و سپس اجازه داده می‌شود تا فازها جدا شوند. RNA معمولاً در فاز آبی باقی می‌ماند و باید با احتیاط از فاز آلی جدا شود.

ته نشینی:رنا استخراج شده با استفاده از الکل (مانند اتانول یا ایزوپروپانول) رسوب داده می‌شود. این کار باعث جداسازی RNA از سایر مولکول‌ها می‌شود. دمای پایین (حدود -20 درجه سانتی‌گراد) برای این مرحله توصیه می‌شود تا کارایی رسوب‌دهی افزایش یابد.

شستشو و خشک کردن:رسوب شده شسته می‌شود تا از آلودگی‌ها پاک شود و سپس خشک می‌شود. این کار معمولاً با استفاده از الکل 70% انجام می‌شود.

حل کردن:رنا خشک شده در یک بافر مناسب (مانند TE buffer یا آب بدون RNase) حل می‌شود تا برای آنالیزهای بعدی آماده گردد.